Кафедра програмного забезпечення систем була заснована у вересні 1996 року у складі тодішнього факультету інформатики (під назвою – кафедра фізико-математичних дисциплін). У 2005 році кафедру було реорганізовано на кафедру програмного забезпечення автоматизованих систем та фізико-математичних дисциплін. У цьому ж році вона стала випусковою зі спеціальності "Програмне забезпечення автоматизованих систем" за освітньо-кваліфікаційними рівнями бакалавр, спеціаліст, магістр. Після реорганізації факультету в 2011 році перейменована в кафедру програмного забезпечення систем. На сьогодні є найбільш чисельною випусковою кафедрою в складі факультету інформаційних технологій з креативної та сучасної спеціальності 121 «Інженерія програмного забезпечення».

За час існування кафедри її завідувачами були:

• Буледза Андрій Васильович — кандидат фізико-математичних наук, доцент, професор кафедри (01.09.1996 р. – 31.12.1998 р.);
• Лавер Олександр Георгійович — кандидат фізико-математичних наук, доцент, професор кафедри (01.01.1999 р. – 07.01.2009 р.);
• Ващук Федір Григорійович — доктор технічних наук, професор (08.01.2009 р. - 28.02.2014 р. ).
• Головач Йожеф Ігнацевич — доктор технічних наук, професор (01.09.2014 р. – 17.04.2018 р.)
• Білак Юрій Юрійович – кандидат фізико - математичних наук, доцент (18.04.2018 р. – по теперішній час).